Para que serve o atributo dentro da listas de descontos de uma negociação?

O desconto é válido para parcelas a vencer (liquidação antecipada).

 
Se você tem um contrato com taxa de 4% e configura Desconto de 50% o cobransaas vai calcular o desconto das parcelas a vencer usando 2%, que corresponde a 50% de 4%.
Se você tem um contrato com taxa de 4% e configura Desconto de 100% o cobransaas vai calcular o desconto das parcelas a vencer usando 4%, que corresponde a 100% de 4%.
 
Então este campo define o quanto da taxa do contrato o Cobransaas deve usar para trazer a "valor presente" as parcelas a vencer.