O usuário conseguirá realizar o pagamento do licenciamento estando com o IPVA pago parcialmente, devido ao parcelamento?

Não, o usuário não conseguirá concluir o pagamento do licenciamento enquanto houver parcelas pendentes do IPVA. Para finalizar o pagamento do licenciamento, é necessário quitar todos os débitos dependentes, ou seja, todas as parcelas restantes do IPVA.

Na API, o retorno será exibido conforme o exemplo abaixo:

{
  "transactionId": 9391165,
  "message": "Existem débitos dependentes que devem ser pagos juntos ao débito informado",
  "execute": "2022-09-30 14:41:56",
  "errorCode": "815"
}