Para pagamento de um convênio por meio de Pix, precisamos ter a integração deste convênio, e o mesmo precisa estar na lista de convênios aceitos, como ocorre no pagamento de contas/boletos?

Não, no caso do Pix não é necessário haver contratos bilaterais entre as empresas para que os convênios sejam aceitos. Qualquer QR Code Pix pode ser pago em qualquer instituição financeira, sem restrições ou necessidade de integração específica para o convênio.