Haverá cobrança pela consulta de um débito veicular que já esteja pago?

Sim, todas as consultas realizadas por meio da API, que retornem com sucesso, serão cobradas, independentemente de o débito veicular já ter sido liquidado ou não.

A única situação em que não haverá cobrança é quando a consulta não for efetivada devido a um erro retornado pela API.